直链淀粉分子由9～20个链长4～100葡萄糖单位的直链组成，分子量5～100万道尔顿；支链淀粉却是由许多支链结合而成的聚合物，在支链淀粉中α-1，6糖苷键约占总糖苷键的5％，支链淀粉葡萄糖链平均由20个葡萄糖单位组成，分子量100万～10亿道尔顿。由于两者分子大小及结构存在差异，因而性质也存在明显不同，直链淀粉易溶于温水，溶解后粘度较低，而支链淀粉要加热后才开始溶解，形成的溶液粘度较大。